S2_using_G13

Super-paramagnetic Clustering of 4 points in a 39 dimensional space.

Each point is a row.

Table of Contents

K Mutual Nearest Neighbors

Dendrogram with Stable Clusters

A Dendrogram next to Reordered Data

Reordered Samples

Files for TreeView

Parameters for SPC

PCA of points

K Mutual Nearest Neighbors (K=1)

Dendrogram with Stable clusters

Reordered Data

A Dendrogram next to Reordered Data

Reordered Samples

1	1				1357.cel
2	2				1795R.cel
3	3				1869RR.cel
4	4				55.cel

Genes Names

1	4	201131_s_at		CDH1 Chr:16q22.1
2	12	206100_at		CPM Chr:12q14.3
3	5	202246_s_at		CDK4 Chr:12q14
4	6	203226_s_at		SAS Chr:12q13.3
5	7	203227_s_at		SAS Chr:12q13.3
6	1	1555385_at		GALGT Chr:12q13.3
7	19	214951_at		SLC26A10 Chr:12q13
8	13	206435_at		GALGT Chr:12q13.3
9	3	200714_x_at		OS-9 Chr:12q13
10	20	215399_s_at		OS-9 Chr:12q13
11	15	212656_at		TSFM Chr:12q13-q14
12	17	214331_at		TSFM Chr:12q13-q14
13	18	214332_s_at		TSFM Chr:12q13-q14
14	2	1568706_s_at		--- ---
15	10	205539_at		AVIL Chr:12q13.2
16	27	226546_at		--- ---
17	36	238999_at		--- ---
18	14	211832_s_at		MDM2 Chr:12q14.3-q15
19	21	217373_x_at		MDM2 Chr:12q14.3-q15
20	22	217542_at		MGC5370 Chr:12q14.3
21	9	205386_s_at		MDM2 Chr:12q14.3-q15
22	25	225160_x_at		MGC5370 Chr:12q14.3
23	29	229711_s_at		MGC5370 Chr:12q14.3
24	35	238733_at		--- ---
25	23	218768_at		NUP107 Chr:12q14.3
26	28	227678_at		KUB3 Chr:12q13.2
27	37	241765_at		CPM Chr:12q14.3
28	8	204027_s_at		METTL1 Chr:12q13
29	11	205676_at		CYP27B1 Chr:12q13.1-q13.3
30	16	213861_s_at		DKFZP586D0919 Chr:12q13.2
31	26	226454_at		LOC92979 Chr:12q13.2
32	30	229917_at		--- ---
33	31	230001_at		LOC92979 Chr:12q13.2
34	34	235721_at		DTX3 Chr:12q13.2
35	38	244675_at		RGS8 Chr:1q25
36	32	235019_at		CPM Chr:12q14.3
37	33	235706_at		CPM Chr:12q14.3
38	24	224489_at		LOC284058 Chr:17q21.32
39	39	AFFX-M27830_5_at		--- ---

Files for TreeView

Raw Data Gene Tree Array Tree Clustered Data

Parameters for SPC

K (nearest neighbors)	1
Min T	0.000000
Max T	0.250000
Delta T	0.004000
Cycles	3000
Growth	TRUE
Stable delta T	4
Ignore dropout size	1

Created by SPC_HTML_REPORT on 12-Aug-2004 13:25:07