G13_using_S4

Super-paramagnetic Clustering of 39 points in a 69 dimensional space.

Each point is a row.

Table of Contents

K Mutual Nearest Neighbors

Dendrogram with Stable Clusters

A Dendrogram next to Reordered Data

Reordered Genes

Files for TreeView

Parameters for SPC

PCA of points

K Mutual Nearest Neighbors (K=13)

Dendrogram with Stable clusters

Reordered Data

A Dendrogram next to Reordered Data

Reordered Genes

1	4		201131_s_at		CDH1 Chr:16q22.1
2	5		202246_s_at		CDK4 Chr:12q14
3	6		203226_s_at		SAS Chr:12q13.3
4	7		203227_s_at		SAS Chr:12q13.3
5	8		204027_s_at		METTL1 Chr:12q13
6	11		205676_at		CYP27B1 Chr:12q13.1-q13.3
7	26		226454_at		LOC92979 Chr:12q13.2
8	31		230001_at		LOC92979 Chr:12q13.2
9	15		212656_at		TSFM Chr:12q13-q14
10	16		213861_s_at		DKFZP586D0919 Chr:12q13.2
11	17		214331_at		TSFM Chr:12q13-q14
12	18		214332_s_at		TSFM Chr:12q13-q14
13	28		227678_at		KUB3 Chr:12q13.2
14	1		1555385_at		GALGT Chr:12q13.3
15	3		200714_x_at		OS-9 Chr:12q13
16	30		229917_at		--- ---
17	20		215399_s_at		OS-9 Chr:12q13
18	13		206435_at		GALGT Chr:12q13.3
19	19		214951_at		SLC26A10 Chr:12q13
20	10		205539_at		AVIL Chr:12q13.2
21	2		1568706_s_at		--- ---
22	36		238999_at		--- ---
23	27		226546_at		--- ---
24	34		235721_at		DTX3 Chr:12q13.2
25	9		205386_s_at		MDM2 Chr:12q14.3-q15
26	22		217542_at		MGC5370 Chr:12q14.3
27	14		211832_s_at		MDM2 Chr:12q14.3-q15
28	21		217373_x_at		MDM2 Chr:12q14.3-q15
29	25		225160_x_at		MGC5370 Chr:12q14.3
30	29		229711_s_at		MGC5370 Chr:12q14.3
31	35		238733_at		--- ---
32	23		218768_at		NUP107 Chr:12q14.3
33	38		244675_at		RGS8 Chr:1q25
34	39		AFFX-M27830_5_at		--- ---
35	24		224489_at		LOC284058 Chr:17q21.32
36	32		235019_at		CPM Chr:12q14.3
37	33		235706_at		CPM Chr:12q14.3
38	12		206100_at		CPM Chr:12q14.3
39	37		241765_at		CPM Chr:12q14.3

Samples Names

1	2			104.cel
2	8			1317.cel
3	4			12.cel
4	3			106.cel
5	11			1430.cel
6	53			547.cel
7	58			574.cel
8	6			129.cel
9	30			269.cel
10	10			1399.cel
11	60			70.cel
12	15			1497R.cel
13	31			274.cel
14	18			157.cel
15	42			356bis.cel
16	22			1854R.cel
17	66			94bis.cel
18	64			90.cel
19	12			1437.cel
20	7			1308.cel
21	23			190.cel
22	32			283.cel
23	1			100R.cel
24	40			345.cel
25	16			15.cel
26	61			80.cel
27	36			300.cel
28	65			93.cel
29	28			246.cel
30	29			254.cel
31	26			236.cel
32	34			288.cel
33	46			428.cel
34	17			155R.cel
35	43			360.cel
36	56			566.cel
37	13			1453.cel
38	20			1621.cel
39	33			284.cel
40	38			328.cel
41	9			1360.cel
42	41			349.cel
43	21			1622R.cel
44	24			218.cel
45	47			444.cel
46	27			242.cel
47	44			390.cel
48	50			506.cel
49	51			527.cel
50	55			563.cel
51	19			159.cel
52	35			30.cel
53	69			ge205.cel
54	48			458.cel
55	54			558.cel
56	39			344.cel
57	49			461.cel
58	62			83.cel
59	14			147.cel
60	25			222.cel
61	5			1284.cel
62	45			396.cel
63	57			57.cel
64	67			97.cel
65	37			323.cel
66	59			65R.cel
67	63			84.cel
68	68			ge197.cel
69	52			528bis.cel

Files for TreeView

Raw Data Gene Tree Array Tree Clustered Data

Parameters for SPC

K (nearest neighbors)	13
Min T	0.000000
Max T	0.250000
Delta T	0.004000
Cycles	3000
Growth	TRUE
Stable delta T	4
Ignore dropout size	3

Created by SPC_HTML_REPORT on 12-Aug-2004 01:40:09