G13_using_S3

Super-paramagnetic Clustering of 39 points in a 4 dimensional space.

Each point is a row.

Table of Contents

K Mutual Nearest Neighbors

Dendrogram with Stable Clusters

A Dendrogram next to Reordered Data

Reordered Genes

Files for TreeView

Parameters for SPC

PCA of points

K Mutual Nearest Neighbors (K=8)

Dendrogram with Stable clusters

Reordered Data

A Dendrogram next to Reordered Data

Reordered Genes

1	23		218768_at		NUP107 Chr:12q14.3
2	39		AFFX-M27830_5_at		--- ---
3	19		214951_at		SLC26A10 Chr:12q13
4	21		217373_x_at		MDM2 Chr:12q14.3-q15
5	1		1555385_at		GALGT Chr:12q13.3
6	16		213861_s_at		DKFZP586D0919 Chr:12q13.2
7	2		1568706_s_at		--- ---
8	14		211832_s_at		MDM2 Chr:12q14.3-q15
9	26		226454_at		LOC92979 Chr:12q13.2
10	34		235721_at		DTX3 Chr:12q13.2
11	3		200714_x_at		OS-9 Chr:12q13
12	10	G255	205539_at		AVIL Chr:12q13.2
13	4	G255	201131_s_at		CDH1 Chr:16q22.1
14	9	G255	205386_s_at		MDM2 Chr:12q14.3-q15
15	17	G255	214331_at		TSFM Chr:12q13-q14
16	5	G255	202246_s_at		CDK4 Chr:12q14
17	7	G255	203227_s_at		SAS Chr:12q13.3
18	22	G255	217542_at		MGC5370 Chr:12q14.3
19	6	G255	203226_s_at		SAS Chr:12q13.3
20	13	G255	206435_at		GALGT Chr:12q13.3
21	32	G255	235019_at		CPM Chr:12q14.3
22	12	G255	206100_at		CPM Chr:12q14.3
23	33	G255	235706_at		CPM Chr:12q14.3
24	35	G255	238733_at		--- ---
25	20	G255	215399_s_at		OS-9 Chr:12q13
26	36	G255	238999_at		--- ---
27	37	G255	241765_at		CPM Chr:12q14.3
28	18		214332_s_at		TSFM Chr:12q13-q14
29	24		224489_at		LOC284058 Chr:17q21.32
30	25		225160_x_at		MGC5370 Chr:12q14.3
31	29		229711_s_at		MGC5370 Chr:12q14.3
32	15		212656_at		TSFM Chr:12q13-q14
33	11		205676_at		CYP27B1 Chr:12q13.1-q13.3
34	27		226546_at		--- ---
35	28		227678_at		KUB3 Chr:12q13.2
36	8		204027_s_at		METTL1 Chr:12q13
37	30		229917_at		--- ---
38	31		230001_at		LOC92979 Chr:12q13.2
39	38		244675_at		RGS8 Chr:1q25

Samples Names

1	2			148.cel
2	3			1553.cel
3	1			1076.cel
4	4			1780.cel

Files for TreeView

Raw Data Gene Tree Array Tree Clustered Data

Parameters for SPC

K (nearest neighbors)	8
Min T	0.000000
Max T	0.250000
Delta T	0.004000
Cycles	3000
Growth	TRUE
Stable delta T	4
Ignore dropout size	3

Created by SPC_HTML_REPORT on 12-Aug-2004 01:38:53