G13_using_S2

Super-paramagnetic Clustering of 39 points in a 4 dimensional space.

Each point is a row.

Table of Contents

K Mutual Nearest Neighbors

Dendrogram with Stable Clusters

A Dendrogram next to Reordered Data

Reordered Genes

Files for TreeView

Parameters for SPC

PCA of points

K Mutual Nearest Neighbors (K=4)

Dendrogram with Stable clusters

Reordered Data

A Dendrogram next to Reordered Data

Reordered Genes

1	3	G253	200714_x_at		OS-9 Chr:12q13
2	12	G253	206100_at		CPM Chr:12q14.3
3	22	G253	217542_at		MGC5370 Chr:12q14.3
4	32	G253	235019_at		CPM Chr:12q14.3
5	29	G253	229711_s_at		MGC5370 Chr:12q14.3
6	21	G253	217373_x_at		MDM2 Chr:12q14.3-q15
7	6	G252 G253	203226_s_at		SAS Chr:12q13.3
8	8	G252 G253	204027_s_at		METTL1 Chr:12q13
9	33	G252 G253	235706_at		CPM Chr:12q14.3
10	2	G252 G253	1568706_s_at		--- ---
11	35	G252 G253	238733_at		--- ---
12	7	G252 G253	203227_s_at		SAS Chr:12q13.3
13	26	G252 G253	226454_at		LOC92979 Chr:12q13.2
14	30	G252 G253	229917_at		--- ---
15	19	G252 G253	214951_at		SLC26A10 Chr:12q13
16	15	G252 G253	212656_at		TSFM Chr:12q13-q14
17	1	G252 G253	1555385_at		GALGT Chr:12q13.3
18	13	G252 G253	206435_at		GALGT Chr:12q13.3
19	5	G252 G253	202246_s_at		CDK4 Chr:12q14
20	31	G252 G253	230001_at		LOC92979 Chr:12q13.2
21	34	G252 G253	235721_at		DTX3 Chr:12q13.2
22	23	G254	218768_at		NUP107 Chr:12q14.3
23	24	G254	224489_at		LOC284058 Chr:17q21.32
24	14	G254	211832_s_at		MDM2 Chr:12q14.3-q15
25	38	G254	244675_at		RGS8 Chr:1q25
26	28	G254	227678_at		KUB3 Chr:12q13.2
27	4	G254	201131_s_at		CDH1 Chr:16q22.1
28	36	G254	238999_at		--- ---
29	10	G254	205539_at		AVIL Chr:12q13.2
30	27	G254	226546_at		--- ---
31	16	G254	213861_s_at		DKFZP586D0919 Chr:12q13.2
32	11	G254	205676_at		CYP27B1 Chr:12q13.1-q13.3
33	9	G254	205386_s_at		MDM2 Chr:12q14.3-q15
34	20	G254	215399_s_at		OS-9 Chr:12q13
35	17	G254	214331_at		TSFM Chr:12q13-q14
36	18	G254	214332_s_at		TSFM Chr:12q13-q14
37	25	G254	225160_x_at		MGC5370 Chr:12q14.3
38	39	G254	AFFX-M27830_5_at		--- ---
39	37	G254	241765_at		CPM Chr:12q14.3

Samples Names

1	1			1357.cel
2	2			1795R.cel
3	3			1869RR.cel
4	4			55.cel

Files for TreeView

Raw Data Gene Tree Array Tree Clustered Data

Parameters for SPC

K (nearest neighbors)	4
Min T	0.000000
Max T	0.250000
Delta T	0.004000
Cycles	3000
Growth	TRUE
Stable delta T	4
Ignore dropout size	3

Created by SPC_HTML_REPORT on 12-Aug-2004 01:37:29